Zakonnicy, którzy wkroczyli na bezludne terytoria północnej Nowej Hiszpanii, wpadli na pomysł nawrócenia narodów „barbarzyńskich” na chrześcijaństwo, a tym samym włączenia ich do życia politycznego, aby później założyć szkoły i miasta we wcześniej założonych przez siebie wioskach.
Aby osiągnąć te cele, rodzice, zawsze w towarzystwie uzbrojonych grup, zwrócili się do pogan i zaoferowali im ochronę przed Kościołem i Koroną Hiszpańską w zamian za otrzymanie chrześcijańskiej edukacji. Indianie, którzy się zgodzili, zebrali się, aby zbudować misję, stając się schronieniem dla Indian i miejscem nauki europejskich technik rolnictwa i innych zawodów.
Po zakończeniu pacyfikacji misja stała się raczkującym miastem z kościołem, podczas gdy misjonarze przenieśli się gdzie indziej, aby wznowić swoją działalność ewangelizacyjną. System ten był ryzykowny, ponieważ Indianie z północy z pewnością stawiali pewien opór, ponieważ byli bardziej wrogo nastawieni niż ci w centrum i uciekali w kierunku gór.
Nawrócenie działało na zasadzie przyznania ziemi i ochrony Indianom w zamian za posłuszeństwo. Ci, którzy się sprzeciwiali, zostali ukarani, a ci, którzy organizowali bunty, zostali straceni.
Po zebraniu rdzennego plemienia zintegrowano główne jądro lub głowę, które składało się z kilku podlegających mu miast i osad. Misjonarze mieszkali w górnym biegu i zarządzali co najmniej dwoma odwiedzającymi wioskami. Trzech lub więcej misjonarzy zależało od rektora i miejscowego gościa. Te placówki razem tworzyły prowincję.
Najpierw wzniesiono kościół z kamienia, a wokół niego, z gliny, zbudowano domy dla braci, którzy mieli ewangelizować, słońca, kości i rdzennych rodzin oraz ogólnie szkoły. W zakładach istniało coś, co moglibyśmy nazwać prymitywną strukturą ekonomiczną. Mieli tereny pod uprawę, ziemię pod zasiew, otwieranie dróg i kanałów irygacyjnych; hodowla bydła, warzywa i działalność rzemieślnicza. W szkołach nauczano katechizmu, czytania, pisania i muzyki.
Z biegiem czasu niektóre misje zostały całkowicie zarzucone z powodu różnych wydarzeń, takich jak wypędzenie jezuitów w 1767 r., Rozprzestrzenianie się chorób przyniesionych przez Hiszpanów, ataki Indian „barbarzyńców”, warunki pogodowe, duże odległości i trochę pieniędzy na ich utrzymanie. Niektóre zachowały się do dziś jako kościoły, a inne tworzą populacje o wielkim znaczeniu. Jednak z niektórych misji znane jest tylko miejsce ich początkowej lokalizacji, a z innych pozostają tylko ruiny.
Jezuici założyli misje w Baja California Norte i Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, północnym Nayarit, części Durango i Coahuila. Po ich wyjeździe Dominikanie osiedlili się na północ od Baja California, podczas gdy franciszkanie ewangelizowali Tamaulipas i Nuevo León i zastąpili misjonarzy Zakonu Loyola w południowej części Baja California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango i Coahuila. W centrum na północy, po buncie Zacatecos, który uniemożliwił kontynuację misji franciszkańskich, rdzenni mieszkańcy zorganizowali się w klasztory.
W 1563 r. Kapitan Francisco de Ibarra objechał teren, który obejmuje obecny stan Sinaloa i założył kilka miast. Trwały one jednak krótko i dopiero w 1591 r. Z rozkazu gubernatora Nueva Vizcaya jezuici, Gonzalo de Tapia i Martín Pérez, zostali wezwani do ewangelizacji regionu.
Zakonnicy przekroczyli Sierra Madre Occidental w maju tego samego roku, wjeżdżając przez Acaponeta, Nayarit i przechodząc przez Culiacán dotarli na miejsce, gdzie 6 czerwca 1591 roku założyli swój pierwszy budynek: San Felipe de Sinaloa.
