Ciągłe najazdy hiszpańskiego zdobywcy Don Nuño Beltrána de Guzmána na zachodnie ziemie kraju w celu zwiększenia jego panowania i władzy nad tymi terenami zaowocowały utworzeniem nowej prowincji, zwanej Królestwem Nowej Galicji.
Region był zamieszkiwany przez różne grupy rdzennych mieszkańców, którzy nieustannie pustoszyli osady założone przez Hiszpanów. Porucznik Nuño de Guzmána, kapitan Juan B. de Oñate otrzymał rozkaz spacyfikowania tych prowincji i założenia Villa de Guadalajara w miejscu zwanym Nochistlán, co skonsumował 5 stycznia 1532 r. W związku z częstymi napadami tubylców na miasto musiał przenieść się rok później do Tonalá, a później do Tlacotlán. Trzecie przeniesienie miało na celu osiedlenie miasta w dolinie Atemajac, gdzie miasto zostało ostatecznie założone 14 lutego 1542 r. W obecności Cristóbala de Oñate jako gubernatora Nowej Galicji i Don Antonio de Mendozy, następnie wicekról Nowej Hiszpanii, który mianował Miguela de Ibarra burmistrzem i wicegubernatorem.
Miasto rozwijało się szybko i zaczęło konkurować z Compostelą (dziś Tepic), która była wówczas siedzibą władz religijnych i cywilnych, tak że mieszkańcy Guadalajary wywarli na władze Audiencia taką presję, że król Felipe II postanowił wydać Certyfikat z dnia 10 maja 1560 r., Aby przenieść się z Composteli do Guadalajary, katedry, dworu królewskiego i urzędników skarbowych.
Struktura urbanistyczna została zaplanowana na wzór innych miast kolonialnych, więc jej układ został opracowany w formie szachownicy z placu San Fernando. Później Fray Antonio de Segovia założył dzielnice Mexicaltzingo i Analco, a dzielnice Mezquitán, jedna z najstarszych. Zbudowano również domy ratuszowe, naprzeciw obecnej świątyni San Agustín i pierwszego kościoła parafialnego, w którym znajduje się Pałac Sprawiedliwości.
Dziś to wspaniałe miasto, obfitujące w budynki kolonialne, prezentuje wiele istotnych przykładów architektonicznych, takich jak katedra, miejsce, które trzeba zobaczyć, zbudowane w latach 1561-1618 przez architekta Martína Casillasa. Jego styl został zaklasyfikowany jako początkujący barok. Jego solidna konstrukcja wznosi się przed dzisiejszym Plaza de Guadalajara, z ciekawymi wieżami, które choć nie należą do pierwotnego stylu budynku, są obecnie uznawane za symbol stolicy Guadalajary. Prymitywne wieże zostały zniszczone w XIX wieku przez trzęsienie ziemi, więc dodano te, które ma dzisiaj. Wnętrze świątyni jest w stylu półgotyckim, łącznie ze sklepieniami wykonanymi z koronki.
Inne okręgi religijne z XVI wieku to klasztor San Francisco, założony w 1542 roku w pobliżu rzeki, w dzielnicy Analco, i prawie całkowicie zniszczony w czasie reformacji. Jej świątynia, odnowiona pod koniec XVII wieku, z barokową fasadą o skromnych liniach salomońskich, zachowała się. Klasztor San Agustín został założony w 1573 roku na mocy zarządzenia króla Filipa II i obecnie zachowuje swoją świątynię z fasadą o surowych liniach herreryjskich i wnętrzem ze sklepieniami żebrowymi.
Santa María de Gracia, kolejna z fundacji konwentualnych, była zajmowana przez dominikanki z Puebla, zbudowana w 1590 roku przed Plaza de San Agustín i opłacona przez Hernána Gómeza de la Peña. Budowla zajęła sześć bloków, choć dziś zachowała się tylko świątynia, z neoklasycystyczną fasadą z drugiej połowy XVIII wieku.
