Urodzony w Ozumba w stanie Meksyk w 1737 roku, rozpoczął karierę religijną i został wyświęcony na kapłana w wieku dwudziestu lat.
Mimo wykształcenia filozoficznego od najmłodszych lat zajmuje się poznaniem i zastosowaniem nauk przyrodniczych, fizyki, matematyki i astronomii. Publikuje cenne prace na tematy naukowe w gazetach i czasopismach swoich czasów. Zyskuje międzynarodową renomę i zostaje wyznaczony na partnera-korespondenta Paryskiej Akademii Nauk. Większość czasu spędza na przeprowadzaniu eksperymentów naukowych i tworzy ogromną bibliotekę. Jest kolekcjonerem zabytków archeologicznych oraz rzadkich okazów roślin i zwierząt. Przeglądaj Xochicalco. Aby złożyć mu hołd, w 1884 roku powstało Towarzystwo Naukowe im. Antonio Alzate'a, które w 1935 roku przekształciło się w Narodową Akademię Nauk. Jego najbardziej znaną pracą redakcyjną są notatki jezuity Francisco Javiera Clavijero do Historii starożytnej Meksyku. Mówi się, że jest dalekim krewnym Sor Juana Inés de la Cruz. Zmarł w Mexico City w 1799 roku.
