Chrystianizacja Yaquis umożliwiła zakonnikom rozprzestrzenienie się w 1609 r., Penetrując terytorium Sonory.
Podczas Kolonii Sonora odpowiadała tylko stokom Sierra Madre Occidental w granicach tego bytu. Region biegnący na północ od rzeki Yaqui, w tym Real de la Cieneguilla, nazywany był Pimería Baja, a najbardziej wysunięty na północ region od tego Real do rzeki Kolorado - już w obecnym stanie Arizona w Ameryce Północnej - nazywał się Pimería Alta.
Obecne terytorium Sonory obejmuje również niewielki region na południowy zachód od tego, co wtedy było znane jako Pimería, w stanie Chihuahua i Ostimuri, miejscowości położonej na wybrzeżu Zatoki Kalifornijskiej, między rzekami Mayo i Yaqui.
W 1614 roku misjonarze Pérez de Rivas i Pedro Méndez schrystianizowali Majów w rejonie Ostimuri, dzieląc misję na trzy Okręgi: Santa Cruz (u ujścia Mayo), Navojoa i Tesia.
Tepahues zostały włączone do Cornicaris w 1620 roku. Ojciec Miguel Godínez założył misje San Andrés de Cornicari i Asunción de Tepahui . W tym samym roku powstał Rektorat San Ignacio, który obejmował, oprócz pięciu wcześniej wspomnianych misji, misje w Bacúm, Torín i Rahún, położone u ujścia Yaqui.
W 1617 roku Yaquis zostali nawróceni przez rodziców Péreza de Rivasa i Tomása Basilio. Pomimo cierpień z powodu powstań, zamieszek, tortur i zabójstw, konwersja Sonory była szybsza i bezpieczniejsza. W XVII wieku jezuici rozszerzyli swoją działalność i założyli misję Maycoba i Yecora w południowo-zachodniej części tego, co znali jako Chínipas.
Misje od rzeki Yaqui na północy zostały podzielone na cztery probostwa: w San Borja pogrupowano misje: Cucumaripa i Tecoripa , założona w 1619 roku; Movas i Onovas, w 1622 roku; Sahuaripa w 1627 roku; Matape w 1629 roku; Onapa w 1677 roku i Arivechi , w 1727 r. Rektorat Trzech Świętych Męczenników Japonii, w skład którego wchodził Batuco założony w 1627 r., Oposura w 1640 r. i Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca i San Miguel Bavispe , założona w 1645 roku. I Rektorat San Javier, który zintegrował misje Ures w 1636; Aconchi, Opodepe i Banámichi w 1639 roku; Cucurpe i Arizpe w 1648 roku oraz Cuaquiárachi w 1655 roku.
W 1687 roku misjonarz Eusebio Francisco Kino wszedł do Pimería Alta i rozpoczął misje Rektoratu Nuestra Señora de los Dolores, zakładając: Caborca, do którego został przydzielony Francisco Javier Saeta, który prowadzi korespondencję ze swoim duchowym wsparciem, ks. Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows de Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera i Imuris.
Po wypędzeniu jezuitów za misjami stanęli franciszkanie, którzy już nie budowali, ograniczając się jedynie do zachowania istniejących. Gdy jezuici założyli już osady w Sinaloa i Sonorze, zwrócili wzrok na terytorium Kalifornii.
