Urodził się w Como we Włoszech w 1702 roku jako szlachcic. W Hiszpanii, gdzie przybywa uciekając przed wojną w Austrii, otrzymuje szerokie uprawnienia do pobierania emerytury od potomków Montezumy w Royal Cajas w Meksyku.
W 1736 r. Udał się do Nowej Hiszpanii. Podczas ośmiu lat swojego pobytu poświęcił się badaniu objawień Matki Bożej z Guadalupe, gromadząc znaczny materiał graficzny i piktograficzny. Promuje ukoronowanie wizerunku Guadalupan, co powoduje nieufność do władz wicekróla. Zostaje wzięty do niewoli, a jego kolekcja zostaje rozebrana. Kilka miesięcy później, po deportacji do Hiszpanii, wsiada na statek, który wpada w ręce piratów, którzy porzucają go na Gibraltarze.
Ze wspaniałymi dziełami przybył do Hiszpanii i skontaktował się z kolekcjonerem Mariano Fernándezem de Echeverríay Veytia, który został uniewinniony, mianowany Królewskim Kronikarzem Indii, stanowisko, którego Boturini odrzucił, aby poświęcić się pisaniu o historii ludów tubylczych. Chociaż nigdy nie odzyskał swojej kolekcji, napisał na niej Katalog Muzeum Indyjskiego. Jego prace są bardzo oryginalne i dobrze udokumentowane. Zmarł w Madrycie w niepewnym dniu, między 1750 a 1755 rokiem.
