Hidalgo wyjechał do Aguascalientes i obrał kurs na Zacatecas. Z Zacatecas Hidalgo przeszedł przez Salinas, Venado, Charcas, Matehuala i Saltillo.
Tutaj ustalono, że główni przywódcy, z najlepszymi żołnierzami i pieniędzmi, wyjechali do Stanów Zjednoczonych. Gdy byli w drodze, zostali uwięzieni przez rojalistów 21 marca w Norias del Baján lub Acatita del Baján. Hidalgo został przewieziony do Monclova, skąd 26 marca wyjechał przez Alamo i Mapimí, a 23 marca wszedł do Chihuahua. Następnie powstał proces, a 7 maja przyjęto pierwsze oświadczenie. Kościelny charakter Hidalgo spowodował większe opóźnienie procesu niż jego towarzyszy: 27 lipca ogłoszono wyrok degradacji, a 29 lipca został stracony w Royal Hospital, w którym więziony był Hidalgo. Rada Wojenna skazała jeńca na uzbrojenie, a nie w miejscu publicznym, jak jego towarzysze, i strzelił mu w pierś, a nie w plecy, zachowując w ten sposób głowę. Hidalgo spokojnie usłyszał zdanie i przygotował się na śmierć.
Jego ostatni dzień został opisany w następujący sposób: „Po powrocie do więzienia podano mu czekoladowe śniadanie, które wziąwszy, błagał, aby zamiast wody podano mu szklankę mleka, które zakończył z niezwykłym popisem apetytu i przyjemności. Chwilę później powiedziano mu, że nadszedł czas na tortury; Usłyszał to bez zmian, wstał i oświadczył, że jest gotowy do wyjścia. W efekcie wyszedł z ohydnego sześcianu, w którym się znajdował, i oddaliwszy się od niego o piętnaście lub dwadzieścia kroków, zatrzymał się na chwilę, ponieważ oficer straży zapytał go, czy zaoferowano mu coś do pozbycia się jako ostatniego; Na to odpowiedział, że tak, chciał, aby przynieśli mu trochę słodyczy, które zostawił na poduszkach; rzeczywiście je przynieśli, a rozprowadziwszy je między tych samych żołnierzy, którzy mieli go podpalić i maszerować za nim, zachęcał ich i pocieszał swoim przebaczeniem i jego najsłodsze słowa, aby wykonać swoją pracę; A ponieważ bardzo dobrze wiedział, że rozkazano mu nie strzelać w głowę i obawiał się, że będzie bardzo cierpiał, ponieważ był jeszcze zmierzch, a przedmioty nie były wyraźnie widoczne, zakończył mówiąc: „Prawa ręka, którą położę na piersi, będzie moje dzieci, bezpieczny cel, do którego musicie się udać ”.
„Ława tortur została umieszczona tam, w wewnętrznej zagrodzie wspomnianej szkoły, w przeciwieństwie do tego, co zrobiono z innymi bohaterami, którzy zostali straceni na placu za budynkiem i tam, gdzie dziś stoi pomnik. to przypomina nam o nim io nowym centrum handlowym, które nosiło jego imię; a kiedy Hidalgo dowiedział się o miejscu, do którego został skierowany, maszerował stanowczym i spokojnym krokiem, nie pozwalając oczom zasłonić oczu, modląc się mocnym i żarliwym głosem psalm Miserere me; Doszedł do szafotu, ucałował go z rezygnacją i szacunkiem, i pomimo jakiejś sprzeczki, która nie kazała mu usiąść z odwróconym tyłem, zajął miejsce przodem do przodu, położył rękę na sercu, przypomniał żołnierzom, że to wskazać, gdzie powinni go zastrzelić, a chwilę później eksplodowało pięć karabinów, z których jeden skutecznie przebił prawą rękę, nie raniąc serca. Bohater, prawie beznamiętny, wytężył swoją modlitwę, a ich głosy ucichły, gdy ponownie zdetonowano kolejne pięć luf karabinów, których kule, mijając ciało, zerwały więzy, które przywiązały go do ławki, a mężczyzna wpadł do jeziora krwi, jeszcze nie umarł; potrzebne były jeszcze trzy strzały, aby zakończyć tę cenną egzystencję, która szanowała śmierć przez ponad 50 lat ”.
Ledwo się narodziło słońce, kiedy już ustawiło się dla publiczności, na krześle i na znacznej wysokości, a dokładnie na zewnątrz. Jego głowę, wraz z głowami Allende, Aldamy i Jiméneza, umieszczono w żelaznych klatkach na rogach Alhóndiga de Granaditas w Guanajuato. Ciało zostało pochowane w trzecim rzędzie w San Francisco de Chihuahua, aw 1824 r. Tułów i głowa zostały przywiezione do Meksyku, gdzie pochowano je z wielką powagą.
