Calleja był organizatorem i szefem armii centralnej (1810-12) podczas wojny o niepodległość i sześćdziesiątym wicekrólem Nowej Hiszpanii, rządzącym od 1813 do 1816 roku, będąc jednym z największych złoczyńców w historii Meksyku.
Urodził się w Medina del Campo w Valladolid, zmarł w Walencji. Pierwszą kampanię odbył jako podporucznik w niefortunnej wyprawie do Algieru, którą za panowania Karola III prowadził hrabia O'Reilly. Był nauczycielem i kapitanem kompanii 100 kadetów, w tym Joaquína Blacke, regenta po Hiszpanii i Francisco Javiera de Elío, przyszłego wicekróla Buenos Aires, w Szkole Wojskowej w Puerto de Santa María.
Przybył do Nowej Hiszpanii z drugim hrabią Revillagigedo (1789), jako kapitan przydzielony do stałego pułku piechoty Puebla, i pomyślnie wykonał kilka zleceń, aż został mianowany dowódcą brygady San Luis Potosí. Tam miał pod swoim dowództwem kanton żołnierzy, których zebrał wicekról Marquina, któremu towarzyszył kapitan Ignacio Allende. Tam też poślubił Doñę Francisca de la Gándara, córkę królewskiego chorążego tego miasta, który był właścicielem wielkiej Hacjendy de Bledos; i zdobył wielki wpływ na mieszkańców tego kraju, którzy znali go jako „mistrza Don Félix.
Gdy doszło do powstania Hidalgo, nie czekając na rozkazy wicekróla, postawił na uzbrojenie wojska swojej brygady, powiększył je o nowe oraz organizując i dyscyplinując, utworzył niewielką (4000 ludzi), ale potężną armię centrum, która zdołała pokonać Hidalgo i staw czoła potężnej ofensywie rozpoczętej przez Morelosa.
Calleja przeszedł na emeryturę do Meksyku po oblężeniu Cuautla (maj 1812), miał w swojej rezydencji (Casa de Moncada, później nazwany Palacio Iturbide) swój mały dwór, gdzie niezadowolenie z rządu Venegas zgodziło się, którego oskarżono o brak pieniędzy i bezsilni, by powstrzymać i zakończyć rewolucję. Około 4 lata później rządził krajem jako wicekról. Uzupełnił armię, docierając do 40 000 żołnierzy liniowych i prowincjonalnych milicji oraz wielu rojalistów zorganizowanych we wszystkich miastach i posiadłościach, obaj głównie opuszczając prowincje, które były w stanie rewolucji; zreorganizował Skarb Państwa, którego produkty wzrosły o nowe podatki; przywrócił ruch kupiecki z częstymi konwojami, które krążyły z jednego końca królestwa na drugi, oraz regularną pocztą; i wzrosła wydajność i produkty celne.
To zakłada ciągłe i intensywne kampanie, które promował przeciwko powstańcom, w których uległ Morelos. Jako człowiek zdecydowany i pozbawiony skrupułów, nie zatrzymywał się w mediach i nie zamykał oczu na nadużycia, jakich dopuszczali się jego dowódcy, jeśli gorliwie służyli prawdziwej sprawie. W ten sposób stał się nienawistny dla swoich współczesnych.
Wrócił do Hiszpanii, otrzymał tytuł hrabiego Calderón (1818) oraz wielkie krzyże Isabel la Católica i San Hermenegildo. Po tym, jak był kapitanem generalnym Andaluzji i gubernatorem Kadyksu, dowodził oddziałami ekspedycyjnymi Ameryki Południowej, które powstały przed wyjazdem i skazały go na więzienie (1820). Zwolniony, odmówił rządowi Walencji i ponownie był więziony na Majorce do 1823 r. „Oczyszczony” w 1825 r. Pozostał w koszarach w Walencji do śmierci.
