Podbój Oaxaca był stosunkowo spokojny, ponieważ lordowie Zapoteków i Mixteków myśleli, że znajdą w Europejczykach sojuszników, których potrzebowali do pokonania Azteków.
Z drugiej strony, inne grupy, takie jak Zapotekowie z Sierra, Chontales, a zwłaszcza Mieszkańcy, stawiali opór i przeprowadzały kolejne bunty. Po swoim triumfie, jeszcze w XVI wieku, Hiszpanie ograbili tubylców z ich ziem, legalizując to działanie poprzez encomiendas, mercedes i podziały przyznane przez króla, zarysowując w ten sposób od początku hiszpańskiego podboju brak równowagi i nierówności, które wystąpiłyby między społeczeństwem hiszpańskim i tubylczym.
Nadużycia ze strony kolonizatorów były tak obfite, że znaczna część pracy przeprowadzonej przez dwóch Audieniosów i wicekróla Antonio de Mendoza miała na celu ograniczenie władzy markiza Valle de Oaxaca, Hernána Cortésa i encomenderos. W ten sposób zaproponowali wzmocnienie władzy królewskiej i dlatego ogłoszono Nowe Prawa (1542) i stworzono złożoną administrację. Zadanie ewangelizacji na obszarze Mixtec i Zapotec było dziełem zakonu dominikańskiego, który zbudował, głównie pracą rdzenną, okazałe kościoły i klasztory w miejscach, w których koncentrowały się duże skupiska ludności, takich jak miasto Antequera, Yanhuitián i Cuilapan. .
Podbój duchowy był bardziej radykalny i gwałtowny niż podbój militarny. Aby zachować kontrolę nad ludnością, zdobywcy utrzymali, z modyfikacjami, pewne tubylcze struktury w taki sposób, że niektórym wodzom Doliny Oaxaca i Mixteca Alta udało się zachować starożytne przywileje i dobra; Zamiast tego, aby nawrócić narody Ameryki na chrześcijaństwo, misjonarze starali się zniszczyć wszelkie ślady religii świata przedhiszpańskiego.
Pomimo niżu demograficznego rodzimej populacji, spowodowanego epidemiami i złym traktowaniem, wiek XVI był okresem wzrostu gospodarczego dzięki wprowadzeniu nowych technik, upraw i gatunków. Na przykład w Mixteca dobre dochody uzyskano z eksploatacji jedwabników, bydła i pszenicy. Do tego wzrostu przyczynił się rozwój rynku miejskiego i kopalń.
Jednak ten dobrobyt został przerwany przez problemy górnictwa od 1590 roku. Handel między Sewillą a Ameryką zmniejszył się, a spadek liczby ludności spowodował spadek konsumpcji w miastach i zmniejszenie siły roboczej do minimum.
W XVII wieku kryzys gospodarczy był okresem zdefiniowania struktur kolonialnych, utrwalenia schematu dominacji i ustanowienia mechanizmów gospodarki zależnej. Zastosowanie monopolu i scentralizowanego systemu handlowego zahamowało regionalny rozwój gospodarczy, powodując, że obszary tak bogate jak Dolina Oaxaca ukierunkowały swoją gospodarkę na samowystarczalność, pomimo znaczenia produkcji i handlu kakao, indygo i koszenili. .
Już w drugiej połowie XVII wieku gospodarka Nowej Hiszpanii zaczęła się poprawiać: odrodziła się produkcja górnicza, ponownie zezwolono na handel z Ameryką Środkową i Peru, a ludność tubylcza zaczęła się odradzać. W tym czasie Hiszpanie mieszkający w Mixteca i Dolinie Oaxaca poświęcili się hodowli bydła na dużą skalę, a hacjendy z powodzeniem połączyły produkcję pszenicy i kukurydzy z hodowlą bydła. Gospodarka kolonialna została zrestrukturyzowana w latach 1660–1692, kładąc podwaliny pod wiek Oświecenia.
Nowa Hiszpania rośnie i kwitnie w epoce oświecenia. Terytorium podwaja się, liczba ludności się trzykrotnie, a wartość produkcji gospodarczej sześciokrotnie. Najlepszym przykładem tych postępów jest górnictwo, centralna oś gospodarcza, która, będąc jeszcze niewolnikiem, zmieniła się z 3300000 pesos w 1670 r. Do 27 mln w 1804 r.
Bogactwo Nowej Hiszpanii przejawia się w intensywnej działalności budowlanej i przepełnieniu świetności baroku, to wtedy w Antequera zbudowano m.in.Kaplicę Różańcową kościoła Santo Domingo, kościół św. Soledad, San Agustín i Consolación.
Wiek XVIII był wiekiem modernizacji reform politycznych i gospodarczych podjętych przez królów Burbonów.
Do 1800 roku Meksyk stał się krajem o niezwykłym bogactwie, ale także skrajnej nędzy, większość ludności była przywiązana do majątków i gmin, byli maltretowani w obrajes, zniewoleni w kopalniach i młynach, bez wolności, bez pieniędzy. i bez możliwości poprawy.
Hiszpanie z półwyspu zmonopolizowali władzę polityczną i gospodarczą; Takie warunki nierówności społecznych, ekonomicznych i politycznych nagromadziły napięcia i niezadowolenie. Z drugiej strony wpływ wydarzeń takich jak Rewolucja Francuska, niepodległość Stanów Zjednoczonych i angielska rewolucja przemysłowa wstrząsa sumieniami Amerykanów, a idea niepodległości Nowej Hiszpanii zaczyna nabierać kształtu w Kreolach.
