Kolonizacja tych odległych ziem została dokonana dzięki niezachwianej woli i niestrudzonej pracy grupy misjonarzy jezuickich, którzy wiedząc, że zdobywcy nie byli w stanie ujarzmić Aborygenów, postanowili nieść im ewangelię, osiągając w ten sposób słowem to, co to nie zostało osiągnięte za pomocą broni.
Tak więc pod koniec XVII wieku, pod entuzjastyczną inicjatywą jezuity Eusebio Kino, który uzyskał zgodę władz hiszpańskich na wyruszenie na wyprawę admirała Isidro Atondo y Antillón, misjonarze przybyli na miejsce, które wówczas uważano za wyspę, ewangelizować jego nieokiełznanych mieszkańców. Aby wydać pozwolenie, Korona nałożyła na to warunek, aby podbój odbył się w imieniu króla Hiszpanii, a misjonarze sami uzyskali środki na wykonanie tego przedsięwzięcia.
Pierwsza misja, Santa María de Loreto, została założona w 1697 roku przez Ojca José María Salvatierra, który przebywał w Tarahumara i któremu Ojciec Kino zaproponował wykonanie wielkiego dzieła. Santa María de Loreto przez ponad sto lat była polityczną, ekonomiczną i religijną stolicą Kalifornii.
W ciągu następnych trzech ćwierćwiecza misjonarze założyli łańcuch osiemnastu wspaniałych fortec połączonych zbudowaną przez siebie tzw. „Drogą królewską”, łączącą region Los Cabos na południu półwyspu z obecną granicą z naszą sąsiad na północy; Było to możliwe, ponieważ wśród misjonarzy byli kapelani ze znajomością budownictwa i hydrotechniki.
Niektóre z tych potężnych budowli przetrwały w idealnym stanie, na przykład San Ignacio, jedna z najpiękniejszych i najlepiej zachowanych, zbudowana przez ojca Juana Bautista Luyando w 1728 roku; w San Francisco Javier, założonej w 1699 r., która składała się z skromnej kaplicy adobe i domu księdza zbudowanego przez Fray Francisco María Piccolo; obecny budynek został zbudowany w 1774 roku przez Ojca Miguela Barco i ze względu na swoją piękną architekturę został uznany za „klejnot misji Baja California Sur”; Santa Rosalía de Mulegé, założona w 1705 roku przez Ojca Juana Maríę Basaldúę, 117 kilometrów na północ od Loreto, była jedną z najlepiej położonych, ponieważ została zbudowana w oazie nad morzem.
Misje łączyły piękno architektury i bogactwo dekoracji z praktycznym otoczeniem, które pozwoliło na osiedlenie się wokół nich. Misjonarze nie tylko ewangelizowali tubylców, ale także nauczyli ich, aby pustynia była owocna palmami daktylowymi; wprowadzili hodowlę i uprawę kukurydzy, pszenicy i trzciny cukrowej; Udało im się zmusić ziemię do produkcji drzew owocowych, takich jak awokado i figi, a aby zachować zgodność z obrzędami religijnymi wymagającymi wina i oliwy, uzyskali pozwolenie na uprawę winorośli i drzewa oliwnego, co było zabronione w pozostałej części Nowego Jorku. Hiszpanii, a dzięki temu dziś w regionie produkowane są doskonałe wina i oliwa z oliwek. A gdyby tego wszystkiego było mało, wprowadzili także pierwsze krzewy róż, które kwitły na tych ziemiach i które dziś zdobią parki i ogrody całego półwyspu.
