Archeologiczne pozostałości Ixtépete, ceremonialnego centrum w pobliżu miasta Guadalajara w gminie Zapopan oraz niedawne odkrycia ponad dwudziestu grobowców szybowych w dolinie Atemajac, pozwalają nam wnioskować, że w okresie klasycznym (200 BC-650 AD)
Krótko przed podbojem Dolina była zamieszkana w większości przez grupy Cocas i Tecuexes, zebrane w małych wioskach zależnych od panowania Tonallan, które zostały poddane bez większego oporu przez Nuño Beltrán de Guzmán w 1530 roku.
Pod koniec następnego roku Guzmán podjął się podboju na północy, powierzając Juanowi de Oñate przejście przez wąwóz rzeki Santiago i, o ile to możliwe, ale z rozwagą, znalazł hiszpańską ludność bez narażania się. W ten sposób 5 stycznia 1532 roku w okolicach Nochistlán, na terenie dzisiejszego Zacatecas, powstała Guadalajara.
Warunki niekorzystne dla osadników spowodowały przeniesienie tego miasta do Tonalá, ale pobyt tam był krótkotrwały i wkrótce potem Latynosowie osiedlili się w pobliżu Tlacotan, gdzie pozostali do 1541 roku. Bunt caxcanów lepiej znany jako wojna Mixtón, która naraził na poważne niebezpieczeństwo hiszpańskie panowanie, dotarł aż do okolic Guadalajary. Kiedy rewolta stłumiona „ogniem i krwią” przez potężną armię dowodzoną przez wicekróla Antonia de Mendozę, miasto osiągnęło pokój, ale zostało pozbawione miejscowej siły roboczej, więc w poszukiwaniu jej postanowili przenieść ludność, znajdując odpowiednie Valle de Atemajac, gdzie ostatnia i ostateczna fundacja została dokonana 14 lutego 1542 r. Później potwierdziła się wiadomość, że prawie trzy lata wcześniej król nadał jej rangę i przywileje miasta.
W 1546 roku papież Paweł III utworzył biskupstwo Nueva Galicia, aw 1548 roku Audiencia o tej samej nazwie; Siedziba obu jurysdykcji znajdowała się początkowo w Compostela, Tepic, aż w 1560 r. Zarządzono jej zmianę na Guadalajara, czyniąc ją tym samym zwierzchnikiem rozległego terytorium zwanego wówczas Audiencia z Guadalajary, stolicy Królestwa Nueva Galicia i siedzibą biskupstwa. Ponieważ każde hiszpańskie miasto zostało narysowane jak szachownica z placu San Fernando, a także zgodnie ze zwyczajem, rdzenne dzielnice Mexicaltzingo, Analco i Mezquitán zostały wyłączone z planu. Proces ewangelizacji rozpoczęli franciszkanie, a następnie augustianie i jezuici.
Stopniowo, z trudnościami i niepowodzeniami, ale także z sukcesami, Guadalajara rosła i umacniała się jako centrum gospodarcze i władzy, do tego stopnia, że w połowie XVIII wieku znaczna liczba zamożnych ludzi z Guadalajary chciała, aby Nueva Galicia i Nueva Vizcaya zintegrowały całkowicie zagraniczne wicekrólestwo. Nowej Hiszpanii, cel nieosiągnięty z powodu reform polityczno-administracyjnych z 1786 r., które zmodyfikowały strukturę terytorialną, dzieląc całą wicekrólestwo na 12 gmin, z których jedną była Guadalajara.
W okresie kolonii, zwłaszcza w XVIII wieku, rozkwit gospodarczy pozostawił po sobie architektoniczne, kulturowe i artystyczne dziedzictwo, którego świadectwa wciąż pozostają w całym mieście.
Samoloty niepodległościowe, które biegły przez terytorium Nowej Hiszpanii, przeniknęły do Jalisco, tak że gdy w różnych częściach gminy wybuchła wojna o niepodległość, doszło do powstania.
26 listopada 1810 roku Don Miguel Hidalgo, dowódca dużej armii, wkroczył do Guadalajary i został przyjęty przez José Antonio Torresa, który krótko wcześniej zajął miasto. Hidalgo tutaj wydał dekret zniesienia niewolnictwa, opieczętowany papier i alcabale oraz sponsorował druk powstańczej gazety El Despertador Americano.
17 stycznia 1811 r. Powstańcy zostali pokonani na moście Calderón, a wojska rojalistów Calleja odzyskały Guadalajarę, obejmując dowództwo José de la Cruz, który wraz z biskupem Cabañasem unicestwił wszelkie wybuchy buntu.
Proklamowana niepodległość w 1821 roku, wzniesiono wolne i suwerenne państwo Jalisco, pozostawiając Guadalajarę jako stolicę państwa i siedzibę władz.
Niestabilność panująca w kraju przez prawie cały XIX wiek, pogłębiona obcymi najazdami, utrudniała, ale nie przeszkadzała państwu, a zwłaszcza jego stolicy, w dalszym rozwoju w różnych porządkach. Namacalnymi przykładami są: w drugiej ćwierci wieku powstanie Instytutu Nauk Państwowych; budowa Szkoły Rzemiosł Artystycznych, Ogrodu Botanicznego, Zakładu Karnego i Panteonu Betlejemskiego, a także otwarcie pierwszych fabryk.
Na początku lat osiemdziesiątych pojawiły się miejskie tramwaje trakcji zwierzęcej, zainstalowano światło elektryczne w 1884 r., W 1888 r. Przyjechała pierwsza kolej w Meksyku, a w Manzanillo w 1909 r. W latach dziewięćdziesiątych Don Mariano Bárcena założył Obserwatorium Astronomiczne i Muzeum Przemysłu.
Podczas rewolucji w Guadalajarze doszło do pewnych aktów buntu przeciwko dyktaturze Díaz, takich jak strajki robotników i protesty studentów, a Madero został nawet przyjęty w 1909 i 1910 r. Z wielkim wyrazem współczucia. Jednak po tym wydarzeniu nie było żadnych wojowniczych wydarzeń. Z drugiej strony stolica Guadalajara przeżyła swego rodzaju stagnację, która zakończyła się w 1930 r. Po uzgodnieniu pokoju przerwanego przez wojnę Cristeros, co zapoczątkowało pragnienie modernizacji, która nie została zakończona.
Zobacz także Miasta kolonialne: Guadalajara, Jalisco
